中药发酵技术最早记载于在我国现存最早的中药专著《神农本草经》，是指经净制或前处理后的中药，在一定的温度和湿度条件下，借助微生物和酶的催化分解作用，使药物发泡产生黄白色霉衣的方法。
由于微生物在代谢过程中能产生多种酶，使由纤维素、半纤维素等构成的细胞壁发生裂解，从而促进中药有效成分的释放，甚至产生新的活性物质，引起中药药性、药效等发生改变。此外，中药的给药方式以口服为主，而发酵可将中药中的某些大分子活性成分发生降解，改善其生物利用度。我国古代早有制曲工艺，其中半夏曲、神曲、建神曲、片仔癀、采云曲、沉香曲、淡豆豉、红曲和百药煎等传统曲剂沿用至今。
传统中药发酵多采用固体发酵方式，借助于自然环境中的野生微生物如嗜酸乳杆菌、霉菌和酵母菌等单一菌种或多种菌种作用进行混合发酵。相对而言，传统中药发酵技术尚存在一些问题，如发酵周期长，易受环境变化的影响；发酵终点多依靠人为主观经验，难以保证终产物的质量可控性和安全有效性。
而现代中药发酵技术是在继承传统中药发酵技术的基础上，融合现代微生态学、发酵工程技术、生物工程学等学科，创新发展而成的不再受制于自然条件制约的中药现代化制药新技术。按照发酵形式，现代中药发酵可分为液体发酵和固体发酵以及新型的特色发酵技术（双向发酵和富微发酵等）。
中药发酵后会对中药的性味功效、化学成分、药理作用等方面产生影响，不同的培养基经微生物类群转化后会产生药性的差异，增加药物中的生物含量和药效。中药发酵会使化学成分从细胞中释放出来，甚至发生转化成为其他成分。中药发酵包含一系列复杂的生化反应与生理活动，如微生物可产生多种酶，从而使中药中的大分子活性物质降解为更易于被人体吸收利用的活性物质，甚至产生新的活性成分，进而提升中药的相关药效。中医药发酵，有单品发酵，有处方发酵。单品发酵现在做的比较多，也相对成熟一点。而复方或临床有效的整个处方发酵，现在还不是十分成熟。.因为，在发醇的过程中，对中药性能的改变是巨大的，可能一个临床很有效的处方，发效后有三个结果:一是更有效，二是减效，三是减效或产生副作用。因此，发酵事业一定要遵重科学技术！
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